当地时间6月30日12时，罗德里戈·杜特尔特在菲律宾首都马尼拉的马拉卡南宫正式就任菲律宾总统。当天的就职典礼简单而隆重，就职仪式现场鸣响礼炮，杜特尔特身穿菲律宾传统民族服装，在菲律宾最高法院法官雷耶斯的主持下，在现场约600名嘉宾的见证下，在其4名子女的陪伴下，宣誓就任菲律宾总统。
在当天的就职演说中，杜特尔特称：“改变必须从我们自己开始。我们已经变成了我们自己最坏的敌人，我们必须要有改变自己的勇气和意愿。”
谈到其引以为傲但也备受争议的高压打击犯罪政策，杜特尔特表示：“我知道有人不同意我打击犯罪的政策……让我这样来回应：我见过腐败是怎样勒索政府资金的。我也见过毒品是怎么毁坏一个人和他的家庭的……我知道总统的权力及其界限。我知道什么是非法什么是合法的，我对程序和法治的坚持是坚定的。”
中国国家主席习近平当天对杜特尔特就职菲律宾总统致电祝贺。习近平在贺电中表示，“中菲两国是搬不走的邻居，睦邻友好是两国关系上千年的历史传承，也是必须坚持的正确方向。今天，中菲关系发展面临着重要机遇，我愿同总统先生共同努力，推动中菲关系走向改善，实现健康稳定发展。我相信，只要我们秉持诚意和善意，坚持互信和合作，就一定能够开创中菲关系和中菲合作的美好未来。”
菲律宾新总统上任如此引人瞩目，中菲南海争端是主要原因。尤其是在阿基诺政府提起的南海仲裁案结果即将出炉的关键节点，世界都在关注杜特尔特在南海问题上将采取怎样的立场。
就在杜特尔特就职的前一天，海牙常设仲裁庭发布公告称，仲裁庭将于7月12日上午发布仲裁案的最终结果。6月27日，杜特尔特在接受媒体采访时表示，“至于西菲律宾海（中国南海），我们会住口。我们发出任何公开声明之前，都要先等待海牙仲裁庭裁决。所以我们先别插手，必须先跟政府的所有人包括军方在内一起商量。”杜特尔特在更早的时候接受采访时曾表示，如果在仲裁结果出炉后的两年内，菲方仍未受益于这一裁决，他将跟中国重启双边对话解决相关争议。他也曾质疑阿基诺政府把南海争端提交国际仲裁庭之举，称这“没有意义”。
据菲律宾当地专家预测，杜特尔特在应对南海问题及与中美关系问题时将采取比阿基诺三世更为务实的策略。该专家称，杜特尔特将力争在中美间达成平衡，通过在南海问题上减少与中国的摩擦，换取中国对其经济发展及基础设施建设的援助，同时也争取维持与美国军事盟友的关系不受影响。据菲律宾当地媒体《菲律宾商报》报道称，杜特尔特已对中国驻菲律宾大使赵鉴华表示，中国将是他上任后第一个要拜访的国家，这显示出他对中菲关系的重视。而另外一家菲律宾当地媒体《菲律宾星报》则报道称，杜特尔特就任总统后，美国国务卿克里应该成为第一个与他会面的外国内阁官员，这是“确保美菲关系的第一步”“克里应该这么做”。
无论菲美关系如何发展，中国国家主席习近平向杜特尔特致以就职贺电、杜特尔特表示将在南海问题上“闭嘴”并希望中国帮助修建铁路这些表态，让外界有足够的理由期待中菲关系将进入转圜轨道。
但“某国”在菲律宾仲裁案即将宣布、中菲关系或将向好的关键节点有些按捺不住。6月20日，柬埔寨首相洪森在柬埔寨国家行政学院的毕业典礼上称，“某个东盟域外国家”的驻柬埔寨大使，正在向柬埔寨及其他东盟国家施压，希望他们能在仲裁案结果宣布后表态支持。6月29日，洪森又在一次公开讲话中点名批评日本驻柬埔寨大使，称其以取消经济援助为威胁干涉柬埔寨内政。洪森称：“我告诉过你，洪森不会轻易屈服于外部压力。”
柬埔寨首相洪森已经多次对日本以取消经济援助为威胁，干涉柬埔寨内政、外交的做法表示愤怒。柬埔寨当地媒体分析认为，日本及欧盟国家的不断施压，是柬埔寨近期多次表态支持中国南海问题立场的重要原因。
6月28日，柬埔寨执政党人民党第二次发表声明，明确表态反对菲律宾提起的南海仲裁案。这也是柬埔寨10天内第三次作出相同立场的表态。人民党28日的声明称：“人民党不支持，且更加反对任何由东盟发表的支持常设仲裁法庭就南海争端所作裁定的声明，某些域外国家在法庭作出裁定之前就开始幕后操纵、压迫东盟国家作出该声明。”人民党称，针对仲裁案的联合声明是“政治阴谋”，并认为“这一阴谋将导致东盟成员国间以及东盟与中国间的分裂”。人民党“视南海问题为有关国家之间关于主权的问题，而不是东盟和中国之间的问题”。因此，人民党“呼吁所有相关国家应该以和平方式共同解决问题”。人民党也“呼吁域外国家停止干预南海问题”。柬埔寨人民党还在声明中表示：“东盟成员在南海问题上的不同观点，并不意味着东盟的分裂。相较于南海问题，东盟有更多的其他工作要做。“